Efficiency of RFLP, RAPD, and AFLP markers for the construction of an intraspecific map of the tomato genome

Vera Saliba-Colombani, Mathilde Causse, Laurent Gervais, and Jacqueline Philouze

Abstract: We have constructed a tomato genetic linkage map based on an intraspecific cross between two inbred lines of Lycopersicon esculentum and L. esculentum var. cerasiforme. The segregating population was composed of 153 recombinant inbred lines. This map is comprised of one morphological, 132 RFLP (restriction fragment length polymorphism, including 16 known-function genes), 33 RAPD (random amplified polymorphic DNA), and 211 AFLP (amplified fragment length polymorphism) loci. We compared the 3 types of markers for their polymorphism, segregation, and distribution over the genome. RFLP, RAPD, and AFLP methods revealed 8.7%, 15.8%, and 14.5% informative bands, respectively. This corresponded to polymorphism in 30% of RFLP probes, 32% of RAPD primers, and 100% of AFLP primer combinations. Less deviation from the 1:1 expected ratio was obtained with RFLP than with AFLP loci (8% and 18%, respectively). RAPD and AFLP markers were not randomly distributed over the genome. Most of them (60% and 80%, respectively) were grouped in clusters located around putative centromeric regions. This intraspecific map spans 965 cM with an average distance of 8.3 cM between markers (of the framework map). It was compared to other published interspecific maps of tomato. Despite the intraspecific origin of this map, it did not show any increase in length when compared to the high-density interspecific map of tomato.

Key words: Lycopersicon esculentum, molecular linkage map, RFLP, AFLP, intraspecific cross.

Résumé : Nous avons construit une carte génétique de la tomate basée sur un croisement intraspécifique entre 2 lignées Lycopersicon esculentum et L. esculentum var. cerasiforme. La population en ségrégation était formée de 153 lignées recombinantes. Cette carte contient un locus morphologique, 132 locus RFLP (dont 16 gènes de fonctions connues), 33 locus RAPD et 211 locus AFLP. Nous avons comparé les 3 types de marqueurs moléculaires au niveau de leur polymorphisme, des ségrégations et de la dispersion à travers le génome. Les pourcentages de bandes informatives en RFLP, RAPD et AFLP étaient respectivement de 8,7 %, 15,8 % et 14,5 %, soit un polymorphisme de 30 % pour les sondes RFLP, 32 % pour les amorces RAPD et 100 % pour les combinaisons d'amorces AFLP. Les marqueurs RFLP ont montré moins de distorsions de ségrégation que les marqueurs AFLP (respectivement 8 % et 18 %). Les marqueurs RAPD et AFLP n'étaient pas distribués aléatoirement sur le génome. La plupart d'entre eux (respectivement 60 % et 80 %) se sont regroupés autour des régions centromériques. La taille de cette carte intraspécifique est de 965 cM avec une distance moyenne entre marqueurs (du squelette de carte) de 8,3 cM. Elle a été comparée à d'autres cartes interspécifiques du génome de la tomate. Malgré son origine intraspécifique, elle n'a montré aucune augmentation de taille comparée à la carte interspécifique de haute densité de la tomate.

Mots clés : Lycopersicon esculentum, carte génétique, RFLP, AFLP, croisement intraspécifique.