Gene content and organization of a 281-kbp contig from the genome of the extremely thermophilic archaeon, Sulfolobus solfataricus P2

Robert L. Charlebois, Rama K. Singh, Christina C.-Y Chan-Weiher, Ghislaine Allard, Cynthia Chow, Fabrice Confalonieri, Bruce Curtis, Michel Duguet, Gael Erauso, David Faguy, Terry Gaasterland, Roger A. Garrett, Paul Gordon, Alex C. Jeffries, Catherine Kozera, Neena Kushwaha, Édith Lafleur, Nadine Medina, Xu Peng, Susanne L. Penny, Qunxin She, Andrew St. Jean, John van der Oost, Felix Young, Yvan Zivanovic, W. Ford Doolittle, Mark A. Ragan, and Christoph W. Sensen

Abstract: The sequence of a 281-kbp contig from the crenarchaeote Sulfolobus solfataricus P2 was determined and analysed. Notable features in this region include 29 ribosomal protein genes, 12 tRNA genes (four of which contain archaeal-type introns), operons encoding enzymes of histidine biosynthesis, pyrimidine biosynthesis, and arginine biosynthesis, an ATPase operon, numerous genes for enzymes of lipopolysaccharide biosynthesis, and six insertion sequences. The content and organization of this contig are compared with sequences from crenarchaeotes, euryarchaeotes, bacteria, and eukaryotes.

Key words: Archaea, Sulfolobus Genome Project, comparative genomics, bioinformatics.

Résumé : La séquence d'un contig de 281 kpb provenant du crenarchaeote Sulfolobus solfataricus P2 a été déterminée et analysée. Les principales caractéristiques de cette région sont la présence de 29 gènes codant pour des protéines ribosomiques, 12 gènes d'ARNt (dont quatre qui contiennent des introns semblables à ceux des archaeons), des opérons codant pour les gènes de la biosynthèse de l'histidine, des pyrimidines, et de l'arginine, un opéron codant pour une ATPase, plusieurs gènes codant pour des enzymes de la biosynthèse lipopolysaccharidique et six séquences d'insertion. Le contenu et l'organisation de ce contig sont comparés avec les séquences provenant de crenarchaeotes, d'euryarchaeotes, de bactéries et d'eucaryotes.

Mots clés : Archaea, projet de séquençage du génome de Sulfolobus, comparaison des génomes, bioinformatique.

[Traduit par la Rédaction]