Linkage map of birch, Betula pendula Roth, based on microsatellites and amplified fragment length polymorphisms

M. Pekkinen, S. Varvio, K. K.M Kulju, H. Kärkkäinen, S. Smolander, A. Viherä-Aarnio, V. Koski, and M. J. Sillanpää

Abstract: The first genetic linkage map for silver birch, Betula pendula Roth, was constructed by using a pseudo-testcross mapping strategy and integration of linkage data from 3 unrelated 2-generation pedigrees. The map is based on the genetic inheritance and segregation of 82 amplified fragment length polyhmorphisms and 19 microsatellite markers, and was constructed by simultaneously comparing the performance of CRI-MAP and OUTMAP packages. The analysis revealed 16 linkage groups, and the total map coverage is 1561 cM (Kosambi units). Average map distance between adjacent markers is 15.5 cM. Linkage groups range between 6 and 18 loci and from 81.2 to 326.5 cM; the remaining 9 linkage groups consist of 2 or 3 loci ranging from 6.3 to 42.4 cM. The uncertainty of the map is illustrated with sensitivity analysis. This initial map can serve as a basis for developing a more detailed genetic map.

Key words: Betula pendula, linkage map, microsatellite, AFLP, CRI-MAP, OUTMAP.

Résumé : La première carte génétique du bouleau commun, Betula pendula Roth, a été produite via une stratégie de pseudo-testcross et par intégration des données provenant de 3 pedigrees bigénérationnels non-apparentés. La carte s'appuie sur l'hérédité et la ségrégation de 82 marqueurs AFLP et 19 microsatellites. Elle a été produite tout en comparant les performances des logiciels CRI-MAP et OUTMAP. Cette analyse a produit 16 groupes de liaison dont l'étendue est de 1561 cM (unités Kosambi). La distance moyenne entre marqueurs adjacents est de 15,5 cM. Les groupes de liaison comprennent entre 6 et 18 locus et mesurent entre 81,2 et 326,5 cM. Les 9 autres groupes de liaison comprenaient 2 ou 3 locus et totalisaient 6,3 à 42,4 cM. L'incertitude de la carte est illustrée au moyen d'une analyse de sensibilité. Cette carte initiale peut servir d'assise pour développer une carte plus détaillée.

Mots clés : Betula pendula, carte de liaison, microsatellite, AFLP, CRI-MAP, OUTMAP.

[Traduit par la Rédaction]