Analysis of expressed sequence tags of the water flea Daphnia magna

Hajime Watanabe, Norihisa Tatarazako, Shigeto Oda, Hiroyo Nishide, Ikuo Uchiyama, Masatoshi Morita, and Taisen Iguchi

Abstract: To study gene expression in the water flea Daphnia magna we constructed a cDNA library and characterized the expressed sequence tags (ESTs) of 7210 clones. The EST sequences clustered into 2958 nonredundant groups. BLAST analyses of both protein and DNA databases showed that 1218 (41%) of the unique sequences shared significant similarities to known nucleotide or amino acid sequences, whereas the remaining 1740 (59%) showed no significant similarities to other genes. Clustering analysis revealed particularly high expression of genes related to ATP synthesis, structural proteins, and proteases. The cDNA clones and EST sequence information should be useful for future functional analysis of daphnid biology and investigation of the links between ecology and genomics.

Key words: Daphnia magna, EST, classification, ATP synthesis.

Résumé : Afin d'étudier l'expression génique chez la daphnie Daphnia magna, les auteurs ont préparé une banque d'ADNc et produit 7 210 EST (étiquettes de gènes exprimés). Ces EST ont formé 2 958 groupes nonredondants. Des interrogations BLAST des banques de séquences protéiques et d'ADN ont révélé que 1 218 (41 %) des séquences uniques présentaient une similarité significative à des séquences peptidiques ou nucléotidiques connues, tandis que les autres 1 740 (59 %) n'en montraient pas. Des analyses de groupement ont montré une expression particulièrement élevée de gènes codant pour des protéines structurales, des protéases ou de protéines impliquées dans la synthèse de l'ATP. Les clones d'ADNc et l'information sur les EST devraient s'avérer utiles pour de futures analyses fonctionnelles chez les daphnies de même que pour l'investigation des liens entre l'écologie et la génomique.

Mots clés : Daphnia magna, EST, classification, synthèse de l'ATP.

[Traduit par la Rédaction]